Phytobs

Logiciel dédié à la bancarisation et au comptage du phytoplancton ainsi qu’au calcul de l’indice IPLAC

Le logiciel Phytobs a été développé à partir de 2009 afin de répondre au besoin d’un outil de comptage du phytoplancton indépendant des logiciels commerciaux et multi-plateforme (Windows, Linux et Mac OS) permettant la bancarisation des données. Il est construit autour d’une base de données en MySQL et s’exécute par l’intermédiaire d’une application développée en JAVA.
Depuis quelques versions, Phytobs peut être exécuté en local (sur un PC) ou en réseau sur un serveur (pour une utilisation multi-utilisateurs) et son interface peut s’afficher en français, anglais ou espagnol.

l’application ainsi construite comprend 3 modules :
– gestion des taxons et des calculs de biovolumes unitaires,
– comptage au microscope,
– calcul de l’IPLAC.

 

Le module de comptage de Phytobs permet la saisie assistée (par l’utilisation de code) des relevés de taxons des échantillons et le comptage avec 2 stratégies de comptage par échantillon. Les dénombrements (nombre de cellules ou d’individus par ml) et de biovolumes (mm3/l) correspondants sont automatiquement calculés et bancarisés. Depuis la version 3.2, les résultats sont aussi présentés sous forme de synthèse par groupes algaux (abondance, biovolume, biovolume relatif et teneurs en carbone) et précisent le biovolume de cyanobactéries potentiellement toxiques avec l’indication des toxines potentielles correspondantes.

Le module de gestion des taxons de phytoplancton comprend les dénominations taxonomiquement à jour avec les synonymies les plus communes de tous les groupes algaux rencontrés dans les échantillons de phytoplancton (plus de 8700 dénominations à ce jour). Des biovolumes individuels peuvent être calculés sur des taxons existant ou de nouveaux ajoutés par l’opérateur.

Le module IPLAC de Phytobs permet le calcul de l’Indice Phytoplancton Lacustre (Laplace-Treyture & Feret, 2016) [1] mis en œuvre pour l’évaluation de l’état écologique des plans d’eau.

Enfin la totalité des données produites et bancarisées sont exportable en format csv : type base données, libre ou selon les recommandations pour l’échange de données nationales. La sortie du calcul de l’IPLAC fournit aussi un pdf de synthèse du calcul de l’indice par plan d’eau.

Phytobs se veut interactif et ouvert : diffusé gratuitement sous licence GNU GPL, le code est accessible aux développeurs qui le souhaitent, afin de garantir l’évolution, l’amélioration et l’adaptation de cet outil à un panel d’utilisations et d’utilisateurs le plus large possible.

[1] C. Laplace-Treyture, Thibaut Feret, 2016. Performance of the Phytoplankton Index for Lakes (IPLAC): A multimetric phytoplankton index to assess the ecological status of water bodies in France. Ecological Indicators. Vol 69, October 2016, Pages 686-698

 

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PHYTOBS v3.2.0 Installation complète
 

logiciel MySQL (indispensable à Phytobs). Télécharger depuis le site de MySQL le fichier mysql-installer-community-5.7.3x.0.msi (celui du bas)

Outil de comptage, de bancarisation d’échantillons de phytoplancton et de calcul de l’IPLAC (exécutable)

 

Notice d’installation

 

lien html

 

 

.exe (98 Mo)

 

.pdf (2.6 Mo)

v3.2.0

28/08/20

 

 

28/08/20

 

28/08/20

Version août 2020  de l’outil de comptage du phytoplancton : comptage, calcul de biovolume, export des données  et calcul d’IPLAC. Plus de 8700 appellations de taxons prise en compte avec synonymie et cyanotoxines potentielles

 

 

PDF

Mise à jour PHYTOBS v3.2.0

Mise à jour de l’outil de comptage depuis la version 3.1.3

 

Notice  de mise à jour

 

.exe (19.7 Mo)

 

.pdf (166.5 Ko)

v3.2.0

28/08/20

 

28/08/20

Mise à jour de l’outil de comptage du phytoplancton, août 2020,  incluant la prise en compte des cyanotoxines et des teneurs en carbone dans les résultats de comptages et comprenant plus de 500 dénominations taxonomiques supplémentaires

Correctif PHYTOBS de la version 3.1.1 vers la version 3.1.2

Correctif de l’outil de comptage depuis la version 3.1.1 vers la version 3.1.2

 

.exe (9.3 Mo)

v3.1.2

11/03/19

Correctif de mars 2019 permettant le passage de la version 3.1.1 à la version 3.1.2 (correction des fonctions d’import et d’export de bases de données) 

 

Contact :
Christophe Laplace-Treyture  INRAE Nouvelle Aquitaine Cestas