Logiciel dédié à la bancarisation et au comptage du phytoplancton ainsi qu’au calcul de l’indice IPLAC
Le logiciel Phytobs a été développé à partir de 2009 afin de répondre au besoin d’un outil de comptage du phytoplancton indépendant des logiciels commerciaux et multi-plateforme (Windows, Linux et Mac OS) permettant la bancarisation des données. Il est construit autour d’une base de données en MySQL et s’exécute par l’intermédiaire d’une application développée en JAVA.
Depuis quelques versions, Phytobs peut être exécuté en local (sur un PC) ou en réseau sur un serveur (pour une utilisation multi-utilisateurs) et son interface peut s’afficher en français, anglais ou espagnol.
l’application ainsi construite comprend 3 modules :
– gestion des taxons et des calculs de biovolumes unitaires,
– comptage au microscope,
– calcul de l’IPLAC.
Le module de comptage de Phytobs permet la saisie assistée (par l’utilisation de code) des relevés de taxons des échantillons et le comptage avec 2 stratégies de comptage par échantillon. Les dénombrements (nombre de cellules ou d’individus par ml) et de biovolumes (mm3/l) correspondants sont automatiquement calculés et bancarisés. Depuis la version 3.2, les résultats sont aussi présentés sous forme de synthèse par groupes algaux (abondance, biovolume, biovolume relatif et teneurs en carbone) et précisent le biovolume de cyanobactéries potentiellement toxiques avec l’indication des toxines potentielles correspondantes.
Le module de gestion des taxons de phytoplancton comprend les dénominations taxonomiquement à jour avec les synonymies les plus communes de tous les groupes algaux rencontrés dans les échantillons de phytoplancton (plus de 9800 dénominations à ce jour). Des biovolumes individuels peuvent être calculés sur des taxons existant ou de nouveaux ajoutés par l’opérateur.
Le module IPLAC de Phytobs permet le calcul de l’Indice Phytoplancton Lacustre (Laplace-Treyture & Feret, 2016) [1] mis en œuvre pour l’évaluation de l’état écologique des plans d’eau.
Enfin la totalité des données produites et bancarisées sont exportable en format csv : type base données, libre ou selon les recommandations pour l’échange de données nationales. La sortie du calcul de l’IPLAC fournit aussi un pdf de synthèse du calcul de l’indice par plan d’eau.
Phytobs se veut interactif et ouvert : diffusé gratuitement sous licence GNU GPL, le code est accessible aux développeurs qui le souhaitent, afin de garantir l’évolution, l’amélioration et l’adaptation de cet outil à un panel d’utilisations et d’utilisateurs le plus large possible.
Pour télécharger les fichierscliquez sur les icônes
|
|
PHYTOBS v3.2.3 Installation complète
logiciel MySQL (indispensable à Phytobs). Télécharger depuis le site de MySQL le fichier mysql-installer-community-8.0.xx.0.msi (celui du bas) Outil de comptage, de bancarisation d’échantillons de phytoplancton et de calcul de l’IPLAC (exécutable)
Notice d’installation |
lien html
.exe (105 Mo)
.pdf (1.1 Mo) |
v3.2.3 06/07/22
10/10/22
06/07/22 |
Version (corrigée) de juillet 2022 de l’outil de comptage du phytoplancton : comptage, calcul de biovolume, export des données et calcul d’IPLAC. Plus de 9800 appellations de taxons prise en compte avec synonymie et cyanotoxines potentielles |
|
|
Mise à jour PHYTOBS v3.2.3 Mise à jour de l’outil de comptage depuis une version précédente (3.x)
Notice de mise à jour |
.exe (20.8 Mo)
.pdf (208.8 Ko) |
v3.2.3 10/10/22
06/07/22 |
Mise à jour de l’outil de comptage du phytoplancton, octobre 2022, incluant des corrections (toxinogènes, synonymie,…), la prise en charge de la version 8.0 de MySQL |
|
|
Correctif PHYTOBS de la version 3.1.1 vers la version 3.1.2 Correctif de l’outil de comptage depuis la version 3.1.1 vers la version 3.1.2 |
.exe (9.3 Mo) |
v3.1.2 11/03/19 |
Correctif de mars 2019 permettant le passage de la version 3.1.1 à la version 3.1.2 (correction des fonctions d’import et d’export de bases de données) |
Contact :
Christophe Laplace-Treyture Inrae Nouvelle Aquitaine Bordeaux, Cestas